本校於1966年創立，原稱「台東縣立台東第一初級中學」，其後改名「台東縣立台東初級中學」， 1968年實施九國民義務教育，旋於同年九月改制為「台東縣立新生國民中學」至今。
本校創立迄今歷經五任校長，首任校長蔡清祥先生，自1966年至1977年共服務十一年；第二任校長蔡芹能先生，自1977年至1986年止服務九年；第三任校長楊昭仁先生自1977年至1986年共服務三年，第四任校長施日進先生，自1989年至2000年共服務十一年，第五任校長陳勝發先生，自2001年至2009年共服務八年，第六任校長賴亮禎先生，自2010年至2016年共服務七年，第七任校長林銘欽先生，自2016年至2024年共服務八年；現任校長王中興先生自2024年八月一日起到職迄今。
本校除了正常的日間教育之外，於1973年附設夜間國中補習學校，於1977年成立「特教班」迄今，該類班級本學期仍然有班級；為滿足具有才藝學生之學習需求，使特殊才藝之學生與普通班的學生能分流施教，本校於1991年成立「美術班」，1993年成立「體育班」，1999年成立「音樂班」，2004年成立「數理資優班」(2008年為符合教育部規範，停止招收數理資優班學生)；上列之特殊班級共達13個班級，是全國國民中學中最多特殊班級的學校，也是特殊班類型最多的一所學校。
本校學生人數由創校第一年四個班級二百名學生，擴充至目前五十三個班級，學生人數達一千四百餘人；本校雖是一所普通學校，但經過歷任校長努力經營，使得今日之新生國中具有多重之教育功能，學校也具有許多特色，頗受社會的重視與青睞，尤其最近幾年來，全校同仁更加努力，校方大力推動資訊教育，充實各項教育設施，開創教育新格局，積極提高行政效能，提升教育績效，落實學生生活輔導與情操教育，以求學生人格之健全發展，並且大力推展體育、美術、音樂等才藝教育，學生才藝獲得適當發展，又於學生課外活動中積極推展棒球運動、原住民舞蹈、管樂隊、合唱團以及童軍活動等，拓展教育新境界，其成效卓著，學校表現更加優異，校務日趨昌隆，深獲各界肯定與好評，目前本校已成為全縣最受矚目的一所明星學校。